药师佛根本印
首先两手掌心向上，两掌手指相交，右手食指及左手小指在外，接着翻掌一压，手腕相隔一到两公分，两手大指竖直压在右手食指侧面的中节上，两大拇指在念的过程中可微微来回推动，这是向外发送信息的过程，手印置于胸前，念时要认真恭敬，最后不念时，手印从头顶上散开，后面有根本印咒，修行者应常念。
以吴信如阿阇梨讲义内容截取为例：
药师灌顶真言
拿摩把嘎瓦帝，贝萨加、古鲁、微督离呀;
钵拉巴、拉加呀，达塔嘎达呀;
阿拉哈帝，三(米阿)三布达呀;
达（帝雅）他，唵，贝萨借，贝萨借，贝萨加，三穆嘎帝，（司哇）哈.
（补充：“帝雅”、“米啊”、“司哇”要连读，“米啊”连读后似“藐”字的音，“拉”、“帝”等蓝色字要轻读，还要注意字的连读才能表达较准的梵文意思）
罗马拼音梵音转写
NamoBhagavateBhaisaljya-Guru-Vaidurya
-Prabhah-RajayaTathagataya
ArahateSamyaksambuddhaya
Tadyatha:OmBhaisajaBhaisajaBhaisajyaSamudgateSvaha
药师根本印咒语：
omcandagirisvaha
唵战达（哥一）利司哇哈
注：哥一的拼音连读成一个音，汉语中没相应的读音，音类似“记”,（哥一）利有“钉、橛”的意思，这里指结界，战达为“月轮”，这句咒在念药师咒前加上，更易进入禅定状态，也有结界保护修行者的作用
十二药叉：
宫比拉（kumbhera)：为金色蛟龙
哇资拉(vajra)：为金刚，其手执金刚杵
迷(克一)拉(mikhira)：为金带，腰束金带的缘故
安尼拉（anira)：破空山
安底拉(andira)：沉香
三底拉（sandira)：螺女，因其头发结成螺状
因达拉(indra)：能天、地持
巴夷拉(payira)：鲸鱼
马候拉(mahora)：蟒龙
今达拉(cindgra)：一角，因头上有一个角
招杜拉（caudhura)：严帜、杀者
微嘎拉(vikara)：善艺
注解∶（参考而已，了解一下，咒意难思议）
拿摩：皈依礼敬
把嘎瓦帝：世尊，念时“帝”音是轻声的
贝萨加：药
古鲁：师
微督离呀：琉璃
钵拉巴：光
拉加呀：王，因为药师佛为东方七佛之首，此药师法门包括色息心三方面修持
达塔嘎达呀：如来
阿拉哈帝：应供，受人天的供养
三(米阿)三布达呀：正等正觉
达（帝雅）他：咒曰
唵(om)：身语意皈命
贝萨借（或加）：药，三药为身药、口药、意药
三穆嘎帝：普度一切，这里应念成“三穆”，而不是“萨穆”，这是参考了《乾隆大藏经》中药师咒的译法,意为“出生”
司哇哈：圆满达成
药师琉璃光如来十二大愿（时时常诵，现世得安稳，死后往生琉璃净土）
第一大愿：愿我来世得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明炽然，照耀无量无数无边世界。以三十二大丈夫相、八十随好，庄严其身。令一切有情，如我无异。
第二大愿：愿我来世得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽。光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严，过于日月。幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业。
第三大愿：愿我来世得菩提时，以无量无边智慧方便，令诸有情皆得无尽所受用物，莫令众生有所乏少。
第四大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情行邪道者，悉令安住菩提道中。若行声闻、独觉乘者，皆以大乘而安立之。
第五大愿：愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣。
第六大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑陋顽愚，盲聋喑哑，挛躄背偻，白癞癫狂，种种病苦。闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。
第七大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦。我之名号，一经其耳，众病悉除，身心安乐，家属资具，悉皆丰足，乃至证得无上菩提。
第八大愿：愿我来世得菩提时，若有女人，为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身。闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提。
第九大愿：愿我来世得菩提时，令诸有情，出魔罥网，解脱一切外道缠缚。若堕种种恶见稠林，皆当引摄置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提。
第十大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，王法所录，绳缚鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难陵辱，悲愁煎逼，身心受苦。若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦。
第十一大愿，愿我来世得菩提时，若诸有情饥火所恼，为求食故造诸恶业，若闻我名至心称念，我当先以上妙饮食随意饱满，后以法味令住胜乐，乃至菩提。
第十二大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼。若闻我名，专念受持，如其所好，即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具、华鬘涂香、鼓乐众伎，随心所玩，皆令满足。
（时时常诵，现世得安稳，死后往生琉璃净土）
尔时光中说此咒已，大地震动，放大光明，一切众生病苦皆除，受安隐乐.
曼殊室利，若见男子、女人，有病苦者，应当一心，为彼病人常清净澡漱，或食、或药、或无虫水，咒一百八遍，与彼服食，所有病苦悉皆消灭.若有所求，至心念诵，皆得如是无病延年；命终之后，生彼世界，得不退转，乃至菩提.是故曼殊室利，若有男子、女人，于彼药师琉璃光如来，至心殷重恭敬供养者，常持此咒，勿令废忘.
复次，曼殊室利，若有净信男子、女人，得闻药师琉璃光如来、应、正等觉所有名号，闻已诵持.晨嚼齿木，澡漱清净，以诸香花、烧香、涂香，作众伎乐，供养形像.于此经典，若自书，若教人书，一心受持，听闻其义.于彼法师，应修供养，一切所有资身之具，悉皆施与，勿令乏少.如是便蒙诸佛护念，所求愿满，乃至菩提.(《药师琉璃光如来本愿功德经》)
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